http://blog.livedoor.jp/dqnplus/archives/1141444.html
ボス曲と言うジャンル自体が思い入れ補正高いので、個々人で差が出ますね、やはり。
私的には、ドラゴンクエスト３「勇者の挑戦」（ただしN響版）がダントツで一位なんですが、二位以降も熱い曲が揃いすぎていて選べないな、というのが正直な所。
折角なので1ゲーム1曲縛りで羅列してみた
【FINAL FANTSY IV】ゴルベーザ四天王バトル
【FINAL FANTASY VI】決戦
【nightmare project YAKATA】戦闘 #2
【STAR OCEAN THE SECOND STORY】The incarnation of devil
【クロノ･トリガー】魔王決戦
【ロマンシング サ・ガ】バトル２
【ロマンシング サ・ガ２】七英雄バトル
【聖剣伝説】戦闘２
【アクトレイザー】強敵
【スーパーロボット大戦F】ARMAGEDDON
【ドラゴンクエストVIII 空と海と大地と呪われし姫君】おおぞらに戦う
【ドラゴンクエストIII】勇者の挑戦
【ロマンシング・サガ３】四魔貴族バトル１
【天地創造】すべてを乗り越えて
【イース2】TERMINATION
【ウィザードリィ外伝II】スケーリー・エンプレス戦（曲名不明）
……どう見ても選曲がおっさんですな。
ちなみにドラキュラとかKONAMI系はボス系以外の曲ばっかり好きなので挙げられないのでした。
